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随着科学技术的不断提高，使用计算机科学技术来代替传统的管理模式已越来越为人们熟知和接受。人们在管理信息系统的长期开发实践中已研制出了多种开发设计方法及其应用，如客户关系管理、供应链管理、商业智能、电子商务和计算机集成制造系统等。科研管理是科研机构和高等院校内部管理的重要组成部分。具有强的安全可靠性、可扩充性、可重用性和可维护性的网上科研信息管理系统已是各科研机构和高校的迫切要求。论文从某科研院的科研管理的需求入手，对现有的科研管理流程进行了优化，明确了系统的功能需求与非功能需求；针对科研管理的业务特点和系统安全的要求，提出了科研信息管理系统的三层体系架构、功能结构设计和系统安全设计；结合业务需求构建了科研管理系统的数据模型，在此基础上对系统的两个核心模块：项目立项申请及审批模块和项目结项模块，进行了详细描述；使用活动图阐明了它们的工作流程，采用类图展示了其静态结构，通过时序图描述了模块内部多个对象之间的动态协作关系。通过系统测试与上线实施，保证了该系统的顺利运行。在科研管理系统上线后，实现了该科研院的科研资源充分共享和流程优化，有效提升了科研管理的监控能力和管理效率。